海底小縱隊是一羣活躍在海底的小小冒險家。小縱隊集結了皮醫生（企鵝）、生物學家謝靈通（海獺）、攝像師達西西（臘腸狗）、機械工程師突突兔（兔子）、小隊中尉呱唧（小貓）等7名夥伴，在覈心成員巴克隊長（北極熊）的帶領下向着未知的海域不斷探索前進。在本次電影的探險中，一座火山突然噴發，突然喚醒了太平洋海底的幾百座火山組成的 “火焰之環”，這一突發性事件迅速演變成了一場全球範圍的大災難。即將集體爆發的火山羣時刻威脅着被海嘯衝上岸的角島鯨、生活在火山羣島的帽帶企鵝、小縱隊維修站的設備、海洋農莊裏植物魚種下的糧食……更不用說那些常年居住在火山口的動植物們！海底小縱隊的成員們必須在太平洋海域分頭行動，分秒必爭，全力救助那些生活在火山周圍的奇異海洋生物們。