分隔在兩個世界的愛力克兄弟二人，使用各自的手段嘗試着兄弟再會。　　哥哥愛德華穿過“門”來到真實世界。公元1923年的德國慕尼黑，一場世界大戰即將到來。無法在這個世界使用鍊金術的愛德華，與長相酷似弟弟的青年愛爾凡斯一起研究火箭的科技，希望藉助火箭回到原來的世界。另一邊的鍊金術世界，弟弟阿爾馮斯修行鍊金術，打扮宛若曾經的愛德華，與國家鍊金術士們一起尋找找回哥哥的方法。　　而暗地中，慕尼黑的一個神祕組織開始了尋找理想國“香巴拉”的儀式，連接鍊金術世界與現實世界的“門”被打開了。　　兄弟二人的命運與兩個世界的危機交織在一起，愛力克兄弟要面對前所未有的挑戰。