銜接上季。忍者們離開神祕島，但妮婭的水系元素突然失去了控制，在尋找問題之時，突然收到來自海底的一個能量波，於是闖入了水下五千英尋的無盡大海神殿，裏面生活着許多海怪（莫羅匹恩人），他們被一個叫特里瑪的章魚怪領導着，但是他的兒子卡爾瑪卻內心邪惡，他決定用兩個護身符（風暴護身符和海浪護身符）來喚醒海上巨蟒“沃傑拉”，來造出驚人的破壞力。卡爾瑪爲了實現計劃，害死了他的爸爸並嫁禍忍者，後得到兩個護身符，喚醒了沃傑拉，水淹忍者城。忍者城居民的處境十分危險。本多瑪擊碎卡爾瑪的權杖，卡爾瑪失去對沃傑拉的控制，被沃傑拉吞食。妮雅爲了擊敗沃傑拉，不顧自身與海洋融爲了一體，最終打敗了沃傑拉，妮雅將海水帶出忍者城，自己也留在了海水中。