前人類和普通人類的人種戰爭已經到了白熱化的階段，野野村組長去世後，吉川（北村一輝 飾）、當麻紗綾（戶田惠梨香 飾）和瀨文焚流（加瀨亮 飾）等人聚在未詳總部，苦苦思索J教授的真身。誰知就在當麻剛剛弄清真相的同時，警察醫院內的成年和兒童SPEC持有者遭到殘忍屠戮。憤怒的當麻無法抑制體內被封印的SPEC，她狂亂暴走，繼而現身御前會議。在猶大、世界（向井理 飾）、潤（大島優子 飾）的見證下，法蒂瑪第三預言實現了。恐怖刺眼的蘑菇雲在上空升起，成千上萬的八尺烏遮天蔽日，被慾望所支配與荼毒的世界迎來了毀滅時刻。　　在命運的交叉點，當麻和焚流能否阻止世界的滅亡？