本片根據松本零士的經典科幻漫畫改編。或許過去，又或許未來，人類大規模向宇宙殖民。當人口膨脹到五千億的時候，散落在宇宙各個角落的人類返回故土地球，卻引發了傷亡慘重的歸鄉戰爭。爲了保護地球這片聖地，人類制定了蓋亞制裁，約定不許任何人染指這裏。可是曾經作爲聯合艦隊艦長的哈洛克卻背叛蓋亞制裁，駕駛着他的阿爾卡迪亞號高舉叛旗，成爲逃逸一百年之久的通緝犯。聯合艦隊長官伊索拉指使自己的弟弟亞馬混入阿爾卡迪亞號，探尋尼伯龍根人發明的永動機的祕密。在此期間，哈洛克率領船員向地球挺近，而聯合艦..