德川幕府三代將軍家光當政時期，風調雨順，國泰民安。時世間流傳三件神器的傳說，分別是大帝之劍、鬥神獨鈷杵、以及猶大的十字架，它們用宇宙金屬鑄就，持有者將獲得征服世界的力量。武士萬源九郎（阿部寛 飾）即爲大帝之劍的持有者，他按照父親臨終前的囑託四處尋找神器，要將它們送回“原來的歸屬之處”。路上他邂逅豐臣家的後代小舞（長谷川京子 飾）及其護衛真田忍者佐助（宮藤官九郎 飾）沿途艱險重重，還要時刻躲避幕府的追殺。另一方面，宇宙人蘭（長谷川京子 飾）以及牡丹（黒木メイサ 飾）也時刻覬覦着萬源九郎一行手中的神器。各懷鬼胎的敵人源源不斷，萬源九郎只得憑藉大帝之劍殺出一條血路…