上世紀50年代，由於國內外形勢的發展變化，中國自主的核工業計劃正在如火如荼地進行當中。在這樣的背景下，一列來往於首都北京與西北核基地之間的神祕火車承擔起了運送核專家前往核基地的一系列祕密任務。　　北京市公安特勤所所長龍飛進入到護送核專家行動組並擔當了第一次運送任務的負責人，漂亮的女乘務員辛紅羽對龍飛一見傾心，然而列車上的四位核專家對國家核武器研發的整體計劃極爲關鍵，龍飛責任重大，不敢有絲毫懈怠。龍飛在列車上發現並抓捕了破壞運送核專家任務的犯罪嫌疑人，在突審的當口列車突遇前方鐵軌上的包裹，龍飛帶人急忙趕去，不料列車突然爆炸，四位核專家當場殞命……　　龍飛在案件審查過程中遇到核科學家楊佑亭的女助手謝寶音。　　杜明明是別人要給龍飛介紹的女朋友，然而卻在龍飛出差期間與他的同事加好友肖克確定了戀愛關係。在列車鐵軌上發現的包裹被證實爲遭到肢解的人體軀幹，一系列的碎屍案件的頻發令火車爆炸案的偵破變得撲朔迷離……　　碎屍案的真兇終於浮出水面，兇手尹大龍異常兇殘狡猾，在經過精心策劃後，兇手設計劫持了祕密運送的核專家楊佑亭。經過一番偵破，龍飛、肖克等人發現了幕後指使——梅花組織的上級特務周明天，龍飛藉機潛伏成特務，力圖打入梅花黨組織內部。不料任性的杜明明也潛伏至周明天身邊，陷入與周明天、肖克的“三角戀愛”中……　　辛紅宇龍飛劇照之後杜明明被掐死於體育館中。　　被劫持的核專家楊佑亭被發現有假，原來有人冒充並試圖進入核基地。周明天被最終證實不是爆炸案的實施者，這背後另有其人。　　周明天被打下山崖，梅花黨組織的一些成員也被緝拿歸案，似乎已經平靜的生活仍然隱藏了更大的罪惡與真相。謝寶音欲毒害龍飛且殺死了辛紅羽，還想殺死楊教授，最終自殺。龍飛從一系列的事件中，覺察出了敵人的蹤跡，原來真正的敵人——梅花黨組織的更大頭目就常年埋伏在公安組織的內部……　　可以說，《祕密列車》繼承了張寶瑞小說系列一貫的驚險玄疑風格，在環環緊扣的故事情節中，將敵我錯綜、正邪難辨、明暗互現的鬥爭展現出來，追求一種心理上的緊張和刺激。 而人物之間的關係也複雜難辨：情人？敵人？知己？對手？正是在他們針鋒相對的鬥爭中，故事被逐步推向高潮……　　王雅捷在劇中的身份更是成了劇中的一個亮點，她身份的曝露帶來了更爲驚人的祕密。爲人物、情節的發展起推波助瀾的作用。目前該劇已經在山西榆次開始拍攝完畢，並且還會在敦煌、嘉峪關等地取景拍攝。