1937年，在中國南京生活多年的德國商人拉貝（烏爾裏奇·圖克爾 Ulrich Tukur 飾）與妻子多拉準備回國。他把在西門子中國分部擔任的職務交給繼承人，然而就在當天的歡送舞會上，日軍開始轟炸南京城，到處燒傷搶劫，引起南京暴亂。恐慌的居民四處逃散，拉貝毅然打開公司大門 收留中國員工及其他難民。南京城的外國傳教士、醫生、商人們商議在南京建立一個“南京國際安全區”來保障無辜百姓的安全，拉貝被推舉爲主席。本來第二天決定回國的拉貝決定要留下來，去拯救無辜的老百姓。當他目睹日本帝國主義的軍隊對南京人民施加的慘無人道的暴行時，拉貝更加積極地與同伴們和日軍鬥智鬥勇，試圖挽救更多的生命。越來越多的難民湧入安全區，這完全超出了他們的想象。與之同時，日軍的暴行更加瘋狂，拉貝的人道救助引起他們的不滿，安全區多次受到日軍的衝擊，補給變得越來越艱難。幾十萬的無辜百姓等待拉貝去拯救，巨大壓力下拉貝怎樣去完成這人性的使命？